Pela própria natureza do trabalho que desenvolvem, empresas do setor de  saneamento básico têm sua atuação diretamente ligada ao meio-ambiente. O caso da Companhia Águas de Itapema é exemplar. Hoje a empresa é a  responsável pela implantação da principal obra de proteção da Natureza e da saúde pública na cidade. Com a rede coletora de esgoto implantada em praticamente toda a Meia Praia, diariamente a concessionária recebe e trata milhares de litros de esgoto, material altamente poluente que de outra forma seguiria para o solo, os rios e o mar, comprometendo a qualidade da água, a fauna e a flora aquáticas.

A empresa também se preocupa com a preservação dos mananciais. Para ser utilizada nas estações de tratamento, a água deve ser abundante e livre de poluentes. Por isso, desde que assumiu a concessão dos serviços, a Companhia Águas de Itapema trabalha constantemente para reduzir as perdas de água do sistema. A intenção é garantir a máxima eficiência na relação água consumida X água produzida. Afinal, quanto maiores as perdas, maior o volume de água que é preciso produzir, o que reflete em aumento da demanda sobre os mananciais. Em 2004 o índice de perdas no sistema de produção e distribuição de água em Itapema era superior a 50%. Hoje gira em torno de 23%.

Além disso, a Companhia implantou um projeto especial para garantir que o abastecimento da população não ponha em risco a "saúde" dos mananciais, principalmente no verão, quando o pico de consumo provocado pela chegada de milhares de turistas à região poderia fazer crescer enormemente o volume de água retirado dos rios. Isso só não ocorre graças à construção de duas lagoas de armazenamento. As estruturas guardam 232 milhões de litros de água, volume usado para atender à população dos bairros Morretes e Meia Praia nos meses de verão sem aumentar de forma excessiva a captação nos rios. As lagoas são cheias durante o inverno e o outono, quando há queda acentuada do consumo na cidade.

Recentemente a Companhia também implantou um projeto de plantio de mata ciliar no Rio da Fita. A intenção é proteger aquele curso d'água (que passa pelo bairro Morretes) do assoreamento provocado pela erosão das margens.